Dans Mortal Kombat 1, Liu Kang a créé un nouveau continuum et beaucoup de personnages connus changent. Dans cette nouvelle ligne temporelle, Mileena n'est plus un clone, mais la sœur jumelle de Kitana, destinée à devenir la nouvelle impératrice de l'Outre-Monde après Sindel. Cependant elle est infectée par la peste Tarkatan, une maladie qui transforme certains habitants de l'Outre-Monde en monstres cannibales et violents. Sindel fait alors tout pour protéger sa fille et cacher sa maladie, c'est d'ailleurs pour la soigner qu'elle a donné sa confiance à Shang Tsung, ignorant les expériences inhumaines de ce dernier. Mileena est donc généralement "normale", mais quand la maladie l'envahit elle reprend son apparence monstrueuse.